Secara Historis pada awal mulanya Sebuduh merupakan sebuah Pelaman dengan nama “MAWA ROPUT”, Mawa berarti tembawang sedangkan Roput berarti Pondok untuk penempa alat pertanian. Asal mula penduduk Mawa Roput adalah dari “Mawa Bonti” (Sungai Bun sekarang), Sejuah, Terusan dan Ngalok. Dalam perkembangannya menjadi sebuah perkampungan yang terletak dekat sebuah sungai yang didalamnya terdapat binatang melata bernama Beudeuh (Labi-labi) atau terkenal dengan tulang punggung (Tempurung) yang keras. Sesuai dengan berkembangnya jumlah penduduk, maka Sei Beudeuh sulit untuk dilafalkan sehingga secara alami berubah kata menjadi Sebuduh. Secara alami pula sifat penduduk Sebuduh mempunyai etos kerja yang keras sesuai dengan kerasnya tempurung Labi-labi dan lembut dalam tutur kata selembut daging labi-labi, sehingga dapat terciptakehidupan yang harmonis, rukun, damai dan tentram seperti tingkah lakunya. Pada masa itu kampung masing-masing berdiri sendiri yang terdiri dari 6 kampung, seperti: Sebuduh, Mangkei, Sebaboi, Segok, Sekumpai dan Empaot, masing-masing kampung dikepalai atau dipimpin oleh Kepala Kampung yang dibantu oleh mitra kerja yaitu para pengurus adat. Pada waktu itu kampung Sebaboi bergabung dengan kampung Mangkei (Semadu sekarang) yang dipimpin oleh satu Kepala Kampung.

Desa Sebuduh merupakan Desa yang diresmikan pada tanggal, 23 Maret 1999 berdasarkan Perda No. 123/Pem/Sanggau/2006. Dahulu untuk nama Desa Sebuduh diambil berdasarkan Jumlah Penduduk terbanyak yang ada diwilayah kampung-kampung disekitar Sebuduh seperti Mangkei, Sekumpai, Empaot, Segok dan Sebaboi. Waktu itu kampung Sebuduh memiliki jumlah Penduduk yang banyak maka nama Desa disebut Sebuduh dan dipusatkan di Kampung Sebuduh dan pada saat ada Pemekaran Desa maka disetujui oleh pihak Kecamatan Kembayan, maka terbentuklah Desa Sebuduh.

Desa Sebuduh memiliki jarak tempuh ke Kecamatan sejauh 8 Km, mayoritas Penduduk Desa Sebuduh waktu itu adalah beragama Kristen Katholik dan Mayoritas Suku Dayak.

Asal mula terbentuknya Desa Sebuduh pada Tahun1999 yang pada saat itu terdiri dari Lima Kepala Kampung, dimana masing-masing Kampung dikepalai oleh satu Kepala Kampung dan Kebayan/Pengurus Adat yang terdiri dari:

1. Kampung Sebuduh dikepalai oleh Pak A. Puin, Temenggung adalah Pak L. Marin
2. Kampung Mangkei dikepalai oleh Pak Dau, Kebayan/Pengurus Adat adalah Martin Tempel
3. Kampung Sekumpai dikepalai oleh Pak Rentah, Kebayan/Pengurus Adat adalah Aci
4. Kampung Empaot dikepalai oleh Pak Tipu, dan Kebayan/Pengurus Adat adalah Pipin
5. Kampung Segok dikepalai oleh Pak Kimin, Kebayan/Pengurus Adat adalah Pahin.

Dari lima kepala kampung tersebut di atas membentuk suatu Desa dengan Persatuan Kepala Kampung dengan nama Desa Sebuduh kata “Beudeuh” (Labi-labi).

Pada saat dijadikan Desa, Desa Sebuduh dikepalai pertama kali oleh Bapak A. Jirin selaku Kepala Kepala Desa pertama Periode Tahun 1999 sampai dengan tahun 2003.

Seiring perkembangan zaman dan berdasarkan hasil pemetaan oleh Pemerintah maka Desa Sebuduh sekarang terdiri atas enam dusun yaitu Dusun Sebuduh, Sebuduh Luar, Semadu, Segok Sebaboi, Maja dan Dusun Sekumpai.